Kluczowa różnica między knock in a knockout polega na metodzie użytej do stworzenia organizmu transgenicznego. W przypadku wybicia genu następuje wstawienie nowego genu, podczas gdy w przypadku wybicia genu następuje usunięcie istniejącego genu w celu stworzenia organizmu transgenicznego.
Organizmy transgeniczne to organizmy o zmienionej budowie genetycznej. „Organizmy rekombinowane” to ich synonim. W większości przypadków organizmy transgeniczne mają korzystne cechy. Podczas tworzenia organizmów transgenicznych celem stają się geny. W zależności od potrzeby można wprowadzić lub usunąć gen. Gene knock in odnosi się do wprowadzenia nowego genu, podczas gdy knock-in odnosi się do usunięcia genu.