Kluczową różnicą między UPGMA a drzewem łączącym sąsiada jest rodzaj drzewa filogenetycznego wynikającego z każdej metody. UPGMA to technika konstruowania zakorzenionego drzewa filogenetycznego, podczas gdy sąsiadujące drzewo łączące to technika konstruowania nieukorzenionego drzewa filogenetycznego.
Drzewa filogenetyczne to diagramy drzewiaste, które pokazują ewolucyjne relacje między organizmami. Drzewo filogenetyczne może mieć różne topologie w zależności od techniki zastosowanej do konstrukcji drzewa. UPGMA i drzewo łączenia sąsiadów to dwie główne metody budowania drzew filogenetycznych.
