Kluczową różnicą między dodatnią i ujemną jonizacją w spektrometrii mas jest to, że jonizacja dodatnia tworzy jony naładowane dodatnio, podczas gdy jonizacja ujemna tworzy jony naładowane ujemnie.
Spektrometria mas lub MS to technika chemii analitycznej, która mierzy stosunek masy do ładunku jonów. Efektem końcowym tej techniki jest widmo masowe, które pojawia się jako wykres intensywności. Ponadto wykres ten jest rysowany jako funkcja stosunku masy do ładunku. Do spektrometrii mas używamy spektrometru mas. Kiedy wprowadzamy naszą próbkę do tego instrumentu, cząsteczki próbki ulegają jonizacji. Tutaj wybór odpowiedniej techniki jonizacji jest bardzo ważny, ponieważ ma duży wpływ na efekt końcowy. Jeśli użyjemy gazu odczynnikowego, np. Amoniaku, spowoduje to jonizację cząsteczek próbki, tworząc albo same jony dodatnie, albo tylko jony ujemne, w zależności od konfiguracji przyrządu.
