Kluczowa różnica między E. coli i Pseudomonas aeruginosa polega na tym, że E. coli jest fakultatywnie beztlenowym gatunkiem bakterii należącym do rodziny Enterobacteriaceae i rodzaju Escherichia, podczas gdy P. aeruginosa to tlenowy gatunek bakterii należący do rodziny Pseudomonadadaceae i rodzaju Pseudomonas.
Zarówno E. coli, jak i Pseudomonas aeruginosa są bakteriami Gram-ujemnymi, w kształcie pałeczki i ruchliwymi. Ponadto są to bakterie otoczkowane. Ale E. coli to gatunek z rodzaju Escherichia, podczas gdy P. aeruginosa to gatunek z rodzaju Pseudomonas.
